简介
元动力学(Metadynamics)是基于分子动力学模拟、精准重构复杂体系自由能势面(FES)的先进计算方法,能高效捕捉反应、扩散、相变等过程中势垒、稳定态、过渡态、中间构象,特别适合传统静态过渡态搜索难以处理的多自由度、高温、动态复杂体系。
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1. 选 CV(最关键)
只选 1–2 个,别多
离子迁移:迁移距离、z 坐标、配位键长
热分解:断键键长、分子间距
非晶 / 晶化:RDF 峰、配位数、有序参数
2. 设置元动力学参数
高斯高度:0.05–0.1 eV
高斯宽度:对应 CV 范围
沉积步长:每 50–200 步加一个高斯
温度:实验温度(300/500/1000 K)
3. 跑增强采样 MD
常用组合:
LAMMPS + PLUMED(最快,经典势)
CP2K + PLUMED(第一性原理)
VASP MD 也可
4. 重构自由能 FES
1D:自由能曲线
2D:等高线 / 热图(顶刊最爱)
5. 取自由能垒
ΔF‡ = F(TS) − F(IS)
只选 1–2 个,别多
离子迁移:迁移距离、z 坐标、配位键长
热分解:断键键长、分子间距
非晶 / 晶化:RDF 峰、配位数、有序参数
2. 设置元动力学参数
高斯高度:0.05–0.1 eV
高斯宽度:对应 CV 范围
沉积步长:每 50–200 步加一个高斯
温度:实验温度(300/500/1000 K)
3. 跑增强采样 MD
常用组合:
LAMMPS + PLUMED(最快,经典势)
CP2K + PLUMED(第一性原理)
VASP MD 也可
4. 重构自由能 FES
1D:自由能曲线
2D:等高线 / 热图(顶刊最爱)
5. 取自由能垒
ΔF‡ = F(TS) − F(IS)
下单须知
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方案与预期制定方案时请明确计算结果预期;我们将保证方法科学、过程透明、结果可复现。
计算结果受多种因素影响,无法保证完全符合预期,请知悉此风险。 -
方案确认方案确认是项目关键,请仔细审核并确认所有细节;我们将严格按最终确认方案执行,保障结果有效。
-
交付范围标准交付:计算方法说明、完整数据、结构文件及输出结果。
不含:计算输入文件、图表美化等服务;特殊需求请提前沟通。 -
信息准确性计算将严格遵循确认的方案(含体系、边界、参数、方法、软件等)。
请确保计算前提供信息准确;结果交付后,不接受因初始信息偏差导致的售后请求。 -
软件版权计算所需软件版权由客户自行解决;如需协助,请在需求澄清阶段提出。
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服务边界服务专注于计算本身,交付成果为计算数据及说明;不含论文撰写、深度数据分析解读。
欢迎就数据结果与计算工程师交流讨论。 -
论文答疑对基于我方数据发表的论文,可就理论计算部分与审稿人交流答疑(不包括代写回复信函)。
需补充计算内容时,可提供优惠增值服务。 -
论文发表论文发表成功与否受多因素影响,我方不承担拒稿责任。
若遇拒稿,将共同面对、协助分析审稿意见并寻找解决方案。 -
方案变更计算结果严格依据确认方案得出,提交后不接受因计算过程疑问而修改方案的请求。
售后确需变更,将视情况收取额外费用。 -
数据保存计算原始数据将备份保存 3 个月;请在收到结果后 1 周内反馈问题。
超期后,我方不再对数据丢失负责。 -
保密义务高度重视学术成果与隐私安全,在您论文公开发表前,对项目所有计算细节严格保密。
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